Frederik Damkjer startede hos Viborg Nørremarken NUGF fra U6-U10 og senere spillede han U11-U12 hos Søndermarken IK, inden han som U13-spiller skiftede til VFF Talent.

Han fik debut i 3F Superligaen mod AGF i marts 2025 og senere i samme forårssæson scorede han sit første superligamål. Dermed blev han den yngste VFF-målscorer i 3F Superligaen nogensinde.