Thomas Jørgensen kommer oprindeligt fra Herfølge BK, men har fået hele sin professionelle fodboldopdragelse hos F.C. København, hvor han skiftede til som U12-spiller.

Han var i foråret 2024 udlejet til Hvidovre IF, hvor han fik erfaring i Superligaen. Jørgensen skiftede til Viborg på en fireårig aftale i sommeren 2024 efter at have deltaget i U19 EM med Danmark.